Den Studierenden stehen für das tägliche Üben sechs Üborgeln in der Hochschule zur ständigen Verfügung. Daneben besitzt die Hochschule zwei größere Orgeln für den Unterricht und zahlreiche Konzerte sowie für Examina: Die Eule-Orgel im Großen Saal und die Collon-Orgel im Kammermusiksaal.
In dem 2001 eingeweihten Großen Saal der Hochschule befindet sich seit 2002 die große Konzertorgel der Firma Hermann-Eule-Orgelbau Bautzen.
Bereits der alte Konzertsaal, der im zweiten Weltkrieg zerstört wurde, besaß eine dreimanualige Orgel, erbaut 1887 von der Firma E. F. Walcker & Cie. Ludwigsburg. Nachdem ab 1907 Karl Straube am Konservatorium unterrichtet, veranlasst er 1909 einen Umbau der Orgel durch Fa. Wilhelm Sauer, Frankfurt/ Oder. 1927 wurde die Orgel nochmals durch die gleiche Orgelbaufirma umgebaut. Das neue Instrument orientiert sich am traditionsreichen Orgelbau des 19. Jahrhunderts in Deutschland, repräsentiert durch Eberhard Friedrich Walcker und Friedrich Ladegast. Die Firma Eule griff bei Mensurierung und Intonation auf ihre Erfahrungen bei der Restaurierung solcher Instrumente wie in der Annenkirche Annaberg und der Schlosskirche Wittenberg zurück. Es entstand ein Instrument, das unter Berücksichtigung französischer Elemente die Interpretation deutscher und französischer romantischer Orgelmusik bis hin zur Musik des 20. Jahrhunderts möglich macht. Die Orgel besitzt Schleifladen, mechanische Spieltraktur, elektrische Registertraktur und ist neben ihrer hervorragenden Bestimmung als Konzertinstrument inspirierend für die Kunst der Orgelimprovisation.
„Daß alles Künstlerische getragen wird von einer allgemeinen Mentalität, das fühlen die Leute gar nicht, denn sonst könnten sie über die romantische Orgel nicht so blöde Urteile sprechen. Aber in fünfzig Jahren sind diese Dinge wiederum überholt..." (Karl Straube, 1926)