Regelmäßig wird auch in der Thomaskirche unterrichtet. Hier befindet sich die bedeutende Wilhelm-Sauer-Orgel von 1889/1908 (88 Register, 3 Manuale/Pedal. Das restaurierte Instrument bietet, an der ehemaligen Wirkungsstätte Prof. Karl Straubes, die authentischste Wiedergabemöglichkeit der Orgelwerke Max Regers überhaupt. Als zweites Instrument beherbergt die Thomaskirche eine Orgel der Werkstatt Gerald Woehl aus Marburg.Sie wurde zum Bach-Jahr 2000 eingeweiht und vor allem für die Wiedergabe der Orgelwerke Johann Sebastian Bachs konzipiert (62 Register, 4 Manuale/Pedal).
In der Michaeliskirche am Nordplatz befindet sich eine weitere, original erhaltene Wilhelm-Sauer-Orgel von 1904 (46 Register, 3 Manuale/ Pedal).
Die Nikolaikirche hat die größte Orgel Leipzigs aufzuweisen. Auf Grundlage der Instrumente von Friedrich Ladegast und Wilhelm Sauer vollendete die Fa. Hermann-Eule-Orgelbau Bautzen 2004 ein Instrument mit 102 Registern auf 5 Manualen und Pedal.
Im Neuen Gewandhaus am Augustusplatz steht eine große Konzertorgel von Alexander-Schuke-Orgelbau Potsdam aus dem Jahr 1981 (89 Register, 4 Manuale/Pedal).
Die Auferstehungskirche in Leipzig-Möckern besitzt eine Orgel (1766, 1872), die aus der alten reformierten Kirche stammt. Sie wurde ursprünglich vom Universitätsorgelbauer Schweinefleisch erbaut und von Felix Mendelssohn Bartholdy gespielt.
In unmittelbarer Umgebung Leipzigs findet man in Pomßen die vermutlich älteste erhaltene Orgel Sachsens (Gottfried Richter 1671, mitteltönig) und in Störmthal eine einmanualige Orgel von Zacharias Hildebrandt. In Rötha stehen zwei Orgeln Gottfried Silbermanns (Georgenkirche, 1718-1721; Marienkirche 1721-1722), worauf Felix Mendelssohn Bartholdy gern gespielt hat.
Im weiteren Umkreis finden sich Instrumente von Weltgeltung, so die von Johann Sebastian Bach geprüfte Hildebrandt-Orgel der Wenzelskirche Naumburg (1746), die größte Orgel Gottfried Silbermanns in der katholischen Hofkirche zu Dresden von 1755, die berühmte große Freiberger Domorgel von Silbermann (1714) sowie die große Ladegast-Orgel im Merseburger Dom (1855). Hier wurde Liszts Praeludium und Fuge über B-A-C-H uraufgeführt und für sie Regers 2. Sonate d-Moll geschrieben.
Ein kostbares Kleinod hat auch die Marktkirche in Halle aufzuweisen: eine kleine Orgel von Georg Reichel (1664), auf der Georg Friedrich Händel bei seinem Orgellehrer Zachow Unterricht erhielt.