Nach einem Lehrdiplom für Blockflöte bei Michael Form studierte sie Aufführungspraxis der Alten Musik an der Schola Cantorum Basiliensis bei Conrad Steinmann.
Dort beschäftigte sie sich auch intensiv mit der Notation der Alten Musik, besonders der des Mittelalters und der Ars Subtilior bei Karin Paulsmeier, sowie der historischen Improvisation bei Richard Erig. Ihr persönliches Interesse gilt seitdem der zeitgenössischen Bearbeitung, besonders der Diminutionspraxis. Meisterkurse bei Walter van Hauwe, Pedro Memelsdorff u.a.
Claudia Nauheim spielte u.a. bereits unter Michael Hofstetter im Radio-Sinfonieorchester Basel am Baseler Theater, unter Joshua Rifkin im Ensemble der Schola Cantorum Basiliensis, auf den Wiesbadener Maifestspielen, dem MDR Musiksommer und dem Int. Bachfest Leipzig. CD- und Rundfunkaufnahmen. Sie schrieb Übertragungen aus alter in moderne Notation u.a. bereits für das Neue Bachische Collegium Musicum Leipzig, gibt Kurse in historischer Aufführungspraxis und veröffentlicht eigene Kompositionen und Bearbeitungen Alter Musik im Gebr. Stark Musikverlag.
Im Herbst 2005 wurde sie gebeten, den Lehrauftrag für Notationskunde an der Leipziger Hochschule für Musik und Theater "Felix Mendelssohn Bartholdy" zu übernehmen.
